Fue fundado en 1573 por los Frailes Dominicos autorizado por la Real Cédula de Felipe II a Fray Juan Méndez, de la orden de los predicadores y se conocía como Santo Tomás Aquino Dominico – Bogotá.
Es considerado como el primer colegio del Nuevo Reino de Granada y formaba en teología, filosofía, humanidades y fue allí donde se educaron próceres de la independencia como Camilo torres,
Francisco José de Caldas y Atanasio Girardot, Andrés Rosillo, y funcionaba en el centro de Bogotá donde esta hoy el edificio Murillo Toro que fue reemplazado en el siglo XIX y luego en los años 40 por una edificación levantada sobre las ruinas del Convento de Santo Domingo donde estuvo el colegio.
Permaneció en pie en el mismo lugar hasta 1937 cuando en el Gobierno de Alfonso López Pumarejo, este fue declarado bien de la nación, pero duró poco porque en 1940 durante el mandato del
presidente Eduardo Santos, el conjunto arquitectónico fue demolido.
En 1943 el nuncio apostólico Carlos Serena puso la primera piedra en la carrera 9 # 51 – 47 para construcción de la nueva institución educativa, el cual nuevamente abrió sus puertas el 7 de marzo de
1944 y ese mismo lugar en 1965 la universidad abrió sus puertas y el colegio fue trasladado a la Localidad de Usaquén donde se encontraba funcionando en la calle 132.
El colegio Santo Tomás de Aquino ha seguido vigente en esta sede y ofrece todo el ciclo educativo
desde preescolar hasta el grado once; ha hecho parte del proyecto educativo de la Universidad Santo Tomás para mantener viva la educación media vocacional, lo que permitía continuar con una articulación y transformación educativa entre la universidad y el colegio, permitiendo a los estudiantes egresado continuar con su transición hacia una carrera en la educación superior.
El colegio Santo Tomás de Aquino es el decano de los colegios, referente en la historia de la educación en nuestro país y lo admirable es que ha sabido adaptarse a los cambios, contrario a lo ocurrido con muchos colegios en Bogotá y Colombia que han cerrado.
Decenas de colegios que tuvieron que cerrar después de pandemia
Durante los últimos 5 años en Bogotá más de 300 colegios privados han cerrado, durante 2024 en la capital del país 26 colegios privados cerraron sus puertas, lo cual se ha considerado como una
grave crisis educativa. según la Secretaria de Educación de Bogotá esto obedece a varios factores que van desde la disminución de la matrícula, problemas financieros y administrativos y hasta la baja
natalidad en nuestro país.
Según estudios realizados por varias universidades sobre este fenómeno en Colombia, hablan de el cierre de más de 6.200 colegios en todo el territorio nacional, de los cuales el 60,9% eran instituciones públicas y el 29,1% colegios privados. Según el informe entregado por la Universidad Javeriana en 2025, una de las
principales razones del cierre es la reducción en la natalidad, el COVID 19 y la crisis económica, situación que el colegio Santo Tomas de Aquino ha sabido capotear.
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